目前，我国水质自动站运行管理有两种模式，一是委托地方管理与维护的模式，称为“托管”；二是地方管理，委托第三方运营。由于水质自动站地处偏远，采用的是“托管”的模式，由环境监测站负责管理和维护，在运行维护中根据所用仪器和水质状况采取相应措施，做好水质自动站运行期间的仪器设备维护。基本维护方法如下：

1、每天按时调取监测数据及状态信号，及时统计、处理、储存数据、剔除异常值，发现异常情况及时巡查。

2、每周及时标定、校准仪器，每月初与人工采样的国标方法比对。

3、按时添加、更换仪器所需试剂及标液，试剂及标液应在保质期内使用。

4、化学试剂的配制应做好记录。

5、每两个月必须对采水头的过滤网、潜水泵、配水管路、各种电动球阀和灭藻装置进行检查维护。

6、定期维护采样泵，每年在冰开化前、冰开化后、雨季期间、封冻前对采样泵进行维护，采样泵的压力减小时，也要对泵进行维护。

7、定期更换仪器的易耗件，经常检查仪器的电磁阀工作状况，经常清洗检查仪器的各种电极，定期维护和更换电极。

8、每月检查气泵和清水压力泵的工作状况，对仪器采样适配器、过滤头、水杯和进样管等进行清洗。

9、每两周要对采水、配水系统维护检查一次。