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水质自动监测是设立在河流、湖泊、水库、饮用水源地、地下水观测点、近岸海域等流域内的现场水质自动分析的无人值守实验室。是利用现代仪器分析技术、自动控制技术、计算机应用技术和通讯传输网络组成的在线水质自动监测系统。
水质自动监测站能自动、连续、准确地监测目标水域的水质及其变化状况，并对各仪器监测结果、运行状态进行采集，存储并传输至中心控制室，中心控制室可随时调取各水质自动监测站的监测数据及仪器状态信号，对监测数据进行统计处理，存入数据库，并以各种报告形式打印输出，进而实现对下游水域进行水质污染预报，研究水体扩散、自净规律，以期达到掌握入境、入湖(库)、入海断面的水质和污染物通量，防治水污染事故为水环境保护管理部门提供技术服务的目的。
水质自动监测采水系统包括：取水泵、取样管路、采样头/浮筒及安装采水设备的建筑设施等。采样系统的主要功能是：自动连续或受控地向水站内仪器提供能反映水质状况的水样。对采水系统的要求是：取水设备能在各种环境、气候条件下正常工作，适应水位变化，在水中泥沙及悬浮物较多的条件下能取到水样。
配水系统包括：除泥沙和过滤装置、管道自动清洗和杀藻装置，水样分配装置、废液收集装置等。配水系统的主要功能是：提供满足各种仪器要求的压力、流量、水质条件的水样，自动或受控地进行管路清洗、杀藻、除沙，水样压力或流量的调节及显示等。
水质自动监测系统的运行是由专用的控制设备控制完成的。硬件部分的组成通常是PLC或工控机以及执行机构等。常用软件有组态王或机器语言编程的应用软件等。控制和数据采集系统完成的主要功能是：系统运行过程控制，数据采集、处理及存储等。
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